يضم هذا المجمع ثلاث كنائس وهي الكنيسة الرئيسية، والكنيسة الزرقاء الصغيرة وكنيسة تلة جميعان. تمثل كنيسة البترا الرئيسية نظام البازيليكا الثلاثي، كما هو مبين في المخطط الأرضي. وتمتد الكنيسة على مساحة 26 متر شرق/غرب و 15 متر شمال/جنوب وتحتوي على ثلاثة محاريب يقابلها ثلاثة مداخل. ويعتقد بأن هذه الكنيسة قد بنيت فى النصف الثانى من القرن الخامس الميلادى. تحتوى على أرضية فسيفسائية، ورسومات داخل أشكال دائرية، ورسومات لحيوانات وطيور وأشكال آدمية ونباتات بالإضافة إلى رموز وصور أخرى تمثل الفصول الأربعة والمحيط والأرض والحكمة. أما الكنيسة الزرقاء (أو المصلى)، فقد سميت بهذا الإسم نسبة إلى الأعمدة المنحوتة من الجرانيت الأزرق المصرى والتي يفترض أنها نقلت من مبنى نبطي مجاور. ويضم المصلى مقعد للوعاظ ومنبر رخامي ومذبح وأعمدة الهيكل. أما كنيسة تلة جميعان فهي بناء بسيط يضم جناحان، وخمسة أعمدة على كل جانب، كما تحتوي على خزان مياه تحت الأرض كانت تغذيه مياه الأمطار. تم بناء هذا المجمع الكنسي فوق مباني وأضرحة نبطية، حيث استمر الرومان في استخدامها خلال فترة حكمهم، قبل أن تصبح المسيحية منتشرة في البترا خلال القرن الخامس الميلادي، حين قام الرومان البيزنطيون بتحويل العديد من المباني إلى كنائس. فعلى سبيل المثال، فإن تاجيات الأعمدة في الكنيسة الزرقاء هي أصل نبطي وتم إعادة استعمالها في بناء الكنيسة.