تأسست الجامعة على يد كرستينا ملكة السويد (1626-1689) في توركو وعرفت باسم أكاديمية توركو الملكية وكانت هي الجامعة الثالثة التي شيدت في الإمبراطورية السويدية بعد جامعة أوبسالا وأكاديمية جوستافوس في تارتو.

الحقبة الثانية من تاريخ الجامعة تغطي الفترة حين كانت فنلندا هي الدوقية الكبرى للإمبراطورية الروسية، من 1809 حتى 1917. حينما صارت فنلندا جزءاً من الإمبراطورية الروسية في عام 1809، قام ألكسندر الأول بتوسيع الجامعة وتخصيص مبالغ كبرى لذلك الغرض. بعد الحريق العظيم لتوركو عام 1827، انتقل التعليم العالي بالبلاد إلى هلسنكي، القلب الإداري الجديد للدوقية الكبرى، في عام 1828، وأُعيد تسمية الجامعة إلى جامعة الإمبراطور ألكسندر بفنلندا تكريماً لآخر المتبرعين بالجامعة. بينما في العاصمة كان الهدف الرئيسي من الجامعة هو تثقيف موظفي الخدمة المدنية للدوقية الكبرى.